"Так и сыпет, так и сыпет... " (цитата)
Открывал форум - двух последних сообщений не видел... Итак, по порядку:
1. Отгружаем товар, по дороге товар разбили или обнаружили брак. Смотря где произло сие событие - в процессе подготовки/сборки - товар на склад брака, берем новый. Если при загрузке, то в зависимости от договора меням на новый или сокращаем отгрузку на поврежденный. При замене товара - задание на перемещение в зону брака, плюс задание на довоз с высоким приоритетом. Во втором случае только перемещение брака.
2. В машину Клинета не поместилось все количество (частный случай процесса "Клиент не приехал"). Обыкновенная процедура "пельмени разлепить" - аналогичная процессу приемки товара, только без указания поставщика (вот где выручает однотипность бизнес-процессов и алгоритмов). Склад должен выполнять как можно меньше различных по структуре операций.
Потихоньку начинаю ощущать себя Вашим консультантом...
3. Склад принял товар двух партий (двух сертификатов). Единице складирования присваивается уникальный номер, связанный с "образом" (электронной копией) сертификата. При выборе товара определяете принцип выдачи, можете принудительно выбрать тот, партия которого Вас интересует. В задание на комплектацию попадает та ячейка, та единица складирования, которая Вас интересует. Ошибки при приемке ("перепутали" партии) не обсуждаю

Предполагаю, что именно об этом отслеживании Вы спрашивали.. т.е. основная задача, при приеме товара наделить его всеми уникальными свойствами, по которым планируете в дальнейшем вести отгрузку... Можете в штрихкод зашить - никто не мешает
Дальше...
4. Клиент вернул товар - если есть у товара уникальный код - узнаете. Если нет... ну я не экстрасенс, честное слово

... Этикетировать паллету все равно придется - если вернул паллету в Вашей этикеткой ( а не переклеил).. про коробки даже говорить не буду... если есть частовозвращающий клиент - ну маркируйте товар под него... Но вот сейчас спросите, а промаркирую коробку, а он откроет и поменяет в ней штуки - тут я уже не помощник
5. По какой цене принять возврат - специфично по Вашим условиям торговли. Не думаю, что этот вопрос ценообразования относится к логистике складирования, но постараюсь ответить. Сегодня клиент купил 100 коробок товара по цене 9 грн/коробка. Скидка была 10 процентов от 10 грн. Завтра он купил еще 20 коробок этого же товара, этой же партии, с этой же паллеты, но уже без скидки, по цене 10 грн/коробка. В конце недели принес 5 коробок - по какой цене их взять? по 9 или по 10? Вопрос решается административно. И ценообразование производится в управляющей программе - задача склада принять и поставить на нужное место, чтобы потом отгрузить.