Добрый день, вечер и т.д.
Да, давненько я не работал с нашей доблестной "железной" дорогой…
Два года назад, а именно столько прошло времени с момента моего последнего плотного общения с РыЖыДы, так вот, в те далекие времена счет-фактура приходил(а) из ТехПД в лучшем случае через полгода, а в худшем случае вообще не приходил(а). Соответственно принять к зачету НыДыСы в текущем отчетном периоде не представлялось возможным. И вообще принять к зачету НыДыСу от РыЖыДы это только по большому блату в налоговых органах можно. Но все течет, все меняется.… Вот и РЖД, видимо, перешла на новые рельсы…
…и выписывает счета-фактуры не в течение 5 (пяти) дней после оказании услуги, а еще до, так сказать, ее оказания. ??? Или они стали работать "по оплате"? Но в таком случае счета-фактуры выписываются не на сумму услуги, а на сумму предоплаты!!!
Видимо, нужно дать комментарий (или ликбез). НыДыСа это такой налог, который оплачивает потребитель, так вот оплачивая провозной тариф или еще чего-либо, все мы (мы это те, кто белые и пушистые, только болели долго)

платим его. Далее, на основании
полученных счетов-фактур, уплаченный НДС можно принять к зачету. Бухгалтерия Вашего предприятия (в зависимости от объемов) сдает НДС либо раз в месяц, либо раз в квартал (сдает НДС – отчет в налоговую). Так вот, получив такую счет-фактуру, через несколько отчетных периодов, можно, конечно, внести корректировку и принять к зачету задним числом (сторно), а можно просто забить его (или на него). 8)
К чему это я, ах да…к тому, что в конечном итоге НДС с перевозок по ЖД это нонсенс.
К тому что, даже если этот или тот экспедитор предъявит Вам счет-фактуру, это будет нескоро или она будет липовой, или она будет отражать только то, что ОАО "РЖД" оказало услуг ООО "Пупкин" на такую-то сумму за такой-то период. А каких услуг, когда и где - история умалчивает!
Алена, как я понимаю, данная "бодяга" затеяна Вашей бухгалтерией. Что-либо обЪяснить бухгалтеру можно, только разговаривая на его языке. Маленький "разговорник"

по НДС и счетам-фактурам тут:
http://vlad134-st.narod.ru/pp_914.htm Но, чтобы ТУТ разобраться, нужно пить много пива

, а не …, в общем, ПИВО нужно пить! 8)
С уважением, Владислав.